Vi sparar data i cookies, genom att använda våra tjänster godkänner du det. ⇒ läs mer om cookies

Niklas Mähler, nybliven doktor i bioinformatik

/

Niklas Mählers forskning kan ligga till grunden för att det i framtiden utvecklas nya växter med egenskaper som är gynnsamma för en bättre klimatanpassad jord- och skogsbruk.

Annons

Niklas Mähler, född och uppvuxen i Graningebruk, blev nyligen doktor i bioinformatik, i Norge.

– Efter civilingenjörsexamen i bioteknik vid Umeå universitet följde jag helt enkelt efter min handledare som fick jobb på universitetet i Norge.

Den 17 juni försvarade han sin avhandling "Genreglering och uppkomsten av fenotyper – en nätverksstrategi" på Norges miljø- og biovitenskaplige universitet. Opponenter var docent Tanja Slotte, Stockholms universitet och docent Geir Kjetil Sandve, Universitetet i Oslo, Norge

– Jag minns egentligen inte så mycket, känns lite suddigt så här efteråt. Jag var väldigt nervös innan men när jag väl stod där kändes det bara skönt. Det blev en givande diskussion mellan mig och opponenterna.

Kan du beskriva vad din forskning handlar om?

– Vi ser biologisk variation framförallt mellan olika arter, men även inom arter. Om man tar träd som exempel så finns det kanske individer som växer snabbare än andra, eller har bättre resistens mot skadedjur. Det är många faktorer som bidrar till den variation som vi observerar, och en av dessa faktorer är DNA-sekvensen.

Niklas beskriver att man kan se DNA som en ritning av en organism, där gener översätts till proteiner som i sin tur fungerar som cellens byggstenar och maskineri.

– Variation i DNA-sekvensen kan leda till att proteinsekvenserna förändras, men de kan också resultera i förändringar i förekomsten av individuella proteiner, alltså när de uttrycks och hur stor mängd som uttrycks. Detta kan då också resultera i förändrade egenskaper hos organismen, som till exempel snabbare tillväxt.

Niklas förklarar vidare att de traditionella metoderna för att undersöka koppling mellan variation i DNA-sekvens och variation i egenskaper ser bara på en gen åt gången, vilket i många fall kan vara begränsade om egenskapen är komplex. Denna typ av analys tar heller inte hänsyn till vad som sker i mellanlagret, det vill säga genuttrycksnivåer, proteinnivåer med mera.

En del av vår forskning har gått ut på att inkludera extra information i form av genuttrycksnivåer, och med hjälp av detta försöka förklara variation i bladform hos asp. Vad vi har sett i dessa fall är att kombinationer av gener som vi identifierar med hjälp av detta tillvägagångssätt förklarar variationen i bladform bättre än individuella gener.

Resultatet av hans doktorandarbete kan i slutändan resultera att det i framtiden utvecklas till exempel sädeslag som skulle kunna tåla torka bättre, något som är högaktuellt med tanke på de klimatförändringar vi ser i dag.

Efter tre intensiva år som han beskriver som väldigt lärorika och intressanta men även med en hel del press väntar nu nya utmaningar.

– Jag har sökt en tjänst på Umeå universitet som jag hoppas få, då blir det en flytt till Umeå nu i juli. Just nu letar jag efter en bostad i Umeå, inte helt lätt.

Att det kommer bli mer forskning är det ingen tvekan om.

– Det finns många trådar kvar att ta upp. Och att dessutom kunna kombinera två av mina intressen; biologi och datorprogrammering är helt perfekt.

Mer läsning

Annons